調査で提出したレシート（領収書）を、経費として利用しても大丈夫ですか？

問題ありません、経費として利用いただいて大丈夫です。
ただし、ミステリーショッピングリサーチの調査は、基本的に一般のお客様（個人）としてのご来店を想定しておりますので、領収書を作成していただく際には、会社名ではなく【個人名】の宛名で作成していただきますようお願いいたします。